프로티나, 365억 조달…AI 신약 '실험 병목' 정조준

프로티나가 365억원 규모의 자금을 조달해 인공지능(AI) 신약 개발의 '실험 병목' 해소에 나선다.

프로티나는 4일 이사회를 열고 제3자배정 유상증자 약 73억원과 사모 전환사채(CB) 292억원을 합쳐 총 365억원을 조달하기로 결정했다고 6일 밝혔다.

조달액 가운데 약 71%인 260억원은 AI 바이오파운드리 구축을 위한 시설자금으로 배정됐다. 나머지 105억원은 단백질 간 상호작용(PPI) 분석 플랫폼 'PPI 랜드스케이프' 고도화와 자체 신약 후보물질 개발 등 운영자금에 쓰인다. 시설 투자는 2027년 88억원을 시작으로 2029년까지 단계적으로 집행된다.

이번 설비 투자는 AI 신약 시장의 구조 변화와 맞닿아 있다. 알파폴드3 등 단백질 구조 예측 모델이 등장하면서 컴퓨터로 항체 후보 서열을 대량 설계하는 진입장벽은 낮아졌다. 그러나 AI가 도출한 서열이 실제 체내에서 결합하는지, 대량 발현이 가능한지 등 '개발적합성'은 시뮬레이션만으로 규명하기 어렵다. 결국 후보물질을 실험실에서 직접 합성·평가하는 물리적 실험 속도가 신약 개발의 새 병목으로 떠올랐다.

프로티나는 자체 개발한 단일분자 단백질 상호작용 검출 기술(SPID)로 이 구간을 공략한다. AI가 쏟아내는 후보물질을 포유류 세포 기반으로 생산·발현한 뒤 결합력과 안정성을 초고속으로 검증하는 방식이다. 회사는 현재 월 4만건 수준인 분석 검증 능력을 완전 자동화 설비 도입으로 2028년까지 월 100만건, 25배로 확대하겠다는 목표를 제시했다.

이번 조달 구조에서도 기관투자자의 시각이 드러난다. 발행되는 CB의 표면이자율은 0%, 만기이자율은 연 1.0%이며 전환가액은 주당 4만8061원으로 정해졌다. 초기 단계에 참여했던 벤처캐피털 등 주요 기관이 재투자에 나섰고, 유상증자로 발행되는 기명식 전환우선주 15만1886주에는 1년간 의무보유가 적용된다.

다만 수백억원의 자본이 장기 투입되는 만큼 완공 이후 대규모 자동화 시설을 채울 글로벌 수주 물량을 선제 확보하는 것이 중장기 수익성의 핵심 쟁점으로 꼽힌다. 월 100만건의 처리 용량을 유의미한 계약 매출로 연결하지 못하면 고정비 부담이 커질 수 있어서다. 자체 파이프라인인 골관절염 치료제 'PRT-101'의 기술이전 성과와 글로벌 제약사와의 파운드리 공급 계약 체결 여부도 플랫폼 가치를 가를 분수령이 될 전망이다.