국내 AI 신약개발 3사, '누가 돈을 버느냐'로 판이 갈렸다

AI로 신약을 설계하겠다며 코스닥에 입성한 국내 3사의 성적표가 2026년 들어 뚜렷하게 갈리고 있다.

신테카바이오는 9일 인공지능(AI) 데이터센터 임대 계약을 공시한 뒤 다음날인 10일 코스닥에서 상한가를 기록했다. 같은 업종으로 묶이는 파로스아이바이오와 온코크로스가 핵심 파이프라인의 기술이전을 기다리며 매출 공백을 메우지 못하는 것과 대비되는 흐름이다. 세 회사 모두 자체 AI 플랫폼으로 신약 후보물질을 발굴한다는 사업 모델을 내세웠지만 수익을 만드는 방식에서 갈라지고 있다.

신테카바이오는 GPU 서비스 전문기업 아토리서치와 코로케이션 공급 계약을 체결했다. 계약금액은 64억8000만원으로 지난해 연간 매출 34억원의 약 1.9배에 달한다. 계약기간은 2029년 10월 31일까지다. 회사는 대전 과학벨트에 자체 구축한 AI 바이오 슈퍼컴 센터(ABSC)의 임대 상면을 활용해 최대 2MW 규모의 고성능 AI 인프라를 단계적으로 유치한다고 밝혔다.

이 계약은 신테카바이오가 신약개발 플랫폼 외에 데이터센터 임대라는 별도 수익원을 확보했다는 의미가 있다. 회사는 아프리카 흰개미집 구조에서 착안한 냉각 시스템으로 데이터센터 전력효율지수(PUE)를 최대 1.3까지 낮출 수 있다고 설명했다. 국내 데이터센터 평균 PUE는 1.8 수준이다.

정종선 신테카바이오 대표는 "코로케이션 비즈니스를 통해 안정적인 매출 구조를 확립하는 동시에 AI 신약 플랫폼 파이프라인의 글로벌 확장도 가속화하겠다"고 밝혔다.

신테카바이오의 2025년 매출은 전년 대비 크게 늘어 34억원을 기록했다. AI 신약개발 플랫폼이 64%, 기술이전이 28%, 데이터센터·SI 서비스가 나머지를 차지했다. 지난해 12월 파노로스바이오사이언스와 항체 후보물질 기술이전 계약을, 위버스컴퍼니와 3억9700만원 규모의 사용자인터페이스(UI) 개발 계약을 잇따라 맺으며 수익원을 넓혔다.

경쟁사인 파로스아이바이오는 상황이 다르다. 자체 AI 플랫폼 '케미버스'로 희귀난치성 질환 치료제를 개발하는 이 회사는 2023년 코스닥 상장 이후 3년 연속 매출 '0원'을 기록했다. 2022년 유한양행에 기술이전한 항암 후보물질 계약이 해지되면서 기대했던 단계별 기술료(마일스톤)가 사라진 영향이 컸다.

파로스아이바이오는 급성골수성백혈병(AML) 치료제 '라스모티닙'(PHI-101)과 난치성 고형암 치료제 'PHI-501'의 글로벌 기술이전에 회사의 명운을 걸고 있다. 지난해 12월 190억원 규모의 전환사채(CB)를 발행해 운영자금을 확보했고, 4월 미국암연구학회(AACR)에서 라스모티닙의 병용요법 연구 결과를 공개하며 사업화 논의에 속도를 내려 하고 있다.

온코크로스도 실적 부진을 겪고 있다. 유전자 발현 데이터를 분석하는 AI 플랫폼 '랩터(RAPTOR) AI'로 기존 약물의 새로운 적응증을 찾아주는 사업을 한다. 2024년 12월 상장 당시 2025년 매출 37억원을 제시했지만, 실제 2025년 매출은 3억8000만원에 그쳤다. 전년 대비 64.4% 줄어든 수치다. 랩터AI의 신규 수주가 감소한 것이 원인으로 지목됐다.

세 회사가 처한 공통 과제는 매출 요건이다. 기술특례상장 기업은 통상 상장 후 5년간 매출 30억원 미만이어도 관리종목 지정을 유예받는다. 신테카바이오는 이 유예가 끝나는 지난해 30억원을 넘기며 우려를 일단 해소했다. 파로스아이바이오는 지난해 법인세차감전계속사업손실이 자기자본의 56.7%에 달해 재무 건전성 개선이 시급하다. 온코크로스의 매출 요건 유예는 2028년까지 남아 있다.

업계에서는 AI 신약개발 경쟁의 핵심이 기술력 자체보다 이를 매출로 연결하는 능력으로 옮겨가고 있다는 분석이 나온다. 박종선 유진투자증권 연구원은 신테카바이오에 대해 "AI 신약개발 시장의 본질은 효율성 경쟁"이라며 "2026년 연간 매출액은 77억원으로 전년 대비 125% 증가하고 영업손실은 약 80% 감소할 것"이라고 전망했다.

다만 신테카바이오도 안심할 상황은 아니다. 정종선 대표는 지난 5월 보유 지분 80% 이상을 담보로 개인 차입을 확대했고, 담보권이 전부 실행될 경우 대표 지분율이 2.8%까지 낮아질 수 있다는 우려가 제기됐다. 회사가 예고한 유효물질 발굴 프로그램 결과가 7월부터 공개되면 실제 기술이전으로 이어질지가 관건이다. 세 회사 모두 자체 파이프라인의 기술이전 성과가 나와야 '기술 기업'에서 '수익 기업'으로 넘어갈 수 있다는 점에서는 같은 출발선에 서 있다.